Родился 15 ноября 1982 года в г. Исилькуле Омской области, затем семья переехала на Север (Ханты-Мансийский автономный округ). Служил в частной военной компании «Вагнер», штурмовые воинские подразделения, прапорщик.

8 сентября 2022 года при исполнении воинского долга Емельяненко Евгений Сергеевич героически погиб в г. Артемовске Донецкой народной Республике в ходе специальной военной операции.

Указом Президента РФ за доблесть, отвагу и самоотверженность, проявленную в ходе проведения СВО, награждён посмертно орденом Мужества, имеет награды ЧВК «Вагнер».

15 октября 2022 года Евгений Сергеевич Емельяненко со всеми воинскими почестями похоронен в г. Исилькуле.