Родился 30 октября 1994 года в с. Украинка Исилькульского района Омской области. С 1 по 11 класс обучался в МБОУ «Украинская средняя общеобразовательная школа» Исилькульского района.
В 2012 году был призван в ряды Вооруженных Сил РФ. Проходил службу в г. Елань Свердловской области, затем в г. Самаре. Не дожидаясь окончания службы, подписал контракт с Министерством обороны РФ. Начинал службу в должности механика-водителя, обучился на наводчика.
Командир танка, старший сержант Вдовенко Евгений Юрьевич погиб 1 мая 2022 года при выполнении боевого задания.

Указом Президента РФ за доблесть, отвагу и самоотверженность, проявленную в ходе проведения СВО, награждён посмертно орденом Мужества.
9 мая 2022 года Евгений Юрьевич Вдовенко с воинскими почестями похоронен в Белгородской области.